На вищу ланку покладається завдання організації та інструктивного і методичного забезпечення податкової роботи в країні, а також контроль за діяльністю податкових органів. Відповідно до чинного законодавства Державна податкова адміністрація України виконує такі функції:
1) виконує безпосередньо, а також організовує роботу державних податкових адміністрацій та державних податкових інспекцій, пов'язану із:
здійсненням контролю за додержанням законодавства про податки, валютні операції,;
обліком платників податків, інших платежів;
виявленням і веденням обліку надходжень податків, інших платежів;
боротьбою з незаконним обігом алкогольних напоїв та тютюнових виробів;
2) видає у випадках, передбачених законом, нормативно-правові акти і методичні рекомендації з питань оподаткування;
3) затверджує форми податкових розрахунків, звітів, декларацій та інших документів, пов'язаних з обчисленням і сплатою податків;
4) роз'яснює через засоби масової інформації порядок застосування законодавчих та інших нормативно-правових актів про податки, інші платежі;
5) здійснює заходи щодо добору, розстановки, професійної підготовки та перепідготовки кадрів для органів державної податкової служби;
6) подає органам державної податкової служби методичну і практичну допомогу в організації роботи, проводить обстеження та перевірки її стану;
7) організовує роботу по створенню інформаційної системи автоматизованих робочих місць органів державної податкової служби;
8) розробляє основні напрями, форми і методи проведення перевірок додержання податкового та валютного законодавства;
9) при виявленні фактів, що свідчать про організовану злочинну діяльність, або дій, що створюють умови для такої діяльності, направляє матеріали з цих питань відповідним спеціальним органам по боротьбі з організованою злочинністю;
10) передає відповідним правоохоронним органам матеріали за фактами правопорушень, за які передбачено кримінальну відповідальність, якщо їх розслідування не належить до компетенції податкової міліції;
11) подає Міністерству фінансів України та Головному управлінню Державного казначейства України звіт про надходження податків, інших платежів;
12) вносить пропозиції та розробляє проекти міжнародних договорів стосовно оподаткування, виконує в межах, визначених законодавством, міжнародні договори з питань оподаткування;
13) надає фізичним особам - платникам податків та інших обов'язкових платежів ідентифікаційні номери та веде Єдиний банк даних про платників податків - юридичних осіб;
14) прогнозує, аналізує надходження податків, інших платежів, джерела податкових надходжень, вивчає вплив макроекономічних показників і податкового законодавства на надходження податків, інших платежів, розробляє пропозиції щодо їх збільшення та зменшення втрат бюджету;
15) забезпечує виготовлення марок акцизного збору, їх зберігання, продаж та організовує роботу, пов'язану із здійсненням контролю за наявністю цих марок на підакцизних товарах;
16) вносить в установленому порядку пропозиції щодо вдосконалення податкового законодавства;
17) організовує у межах своїх повноважень роботу щодо забезпечення охорони державної таємниці в органах державної податкової служби;
18) організовує роботу, пов”язану зі здійсненням контролю за дотриманням максимальних роздрібних цін на тютюнові вироби.
Відповідно до вказаних функцій структура вищої ланки державної податкової служби побудована за функціональними напрямами діяльності - блоками, в яких концентрується виконання певної функції.
На функціональний блок методологічної та законотворчої роботи щодо справляння податків покладається розробка інструктивних матеріалів з усіх видів податків і податкових платежів, проектів законодавчих актів з питань оподаткування, вивчення світового досвіду організації податкової системи і податкової справи, здійснення міжнародних зв”язків із податковими службами країн світу. Вказана діяльність є виключною прерогативою вищої ланки. Це серцевина податкової служби держави, оскільки саме тут формуються напрями податкової політики.
Функціональний блок організації контрольної роботи податкових адміністрацій здійснює безпосереднє керівництво роботою місцевих податкових органів щодо здійснення документальних перевірок щодо правильності нарахування і справляння податків, податкових і неподаткових платежів за єдиною методологічною основою, а також щодо контролю за валютними операціями.
Функціональний блок економічного аналізу та внутрівідомчого контролю займається питаннями методології економічного аналізу в галузях народного господарства, аналізує виконання доходної частини бюджетів, перевіряє стан виконавської дисципліни та стан по справлянню податків у державних податкових адміністраціях.
Підрозділи функціонального блоку програмного забезпечення та оперативної звітності проводять роботу щодо розробки програмного та інформаційного забезпечення податкових органів всіх рівнів.
У самостійний функціональний блок виділено податкову міліцію. Тут вирішуються питання збору, аналізу й оцінки інформації про суб”єктів підприємницької діяльності, які ухиляються від сплати податків, організується та проводиться оперативно-слідча робота. Розробляються і ралізуються заходи щодо виявлення і припинення порушень податкового законодавства, які містять ознаки злочину. Забезпечуються безпека діяльності податкових адміністрацій і інспекцій і координація взаємодії з правоохоронними органами.
Крім зазначених функціональних блоків, до складу Державної податкової адміністрації України входить блок, що об”єднує забезпечуючі служби: управління справами, управління кадрів, тощо.