Сплата податку, сума якого визначена платником у декларації, провадиться не пізніше двадцятого числа місяця, що настає за звітним періодом.
У разі, коли сума податку на додану вартість, визначена як різниця між загальною сумою податкових зобов'язань та сумою податкового кредиту звітного періоду, має від'ємне значення, така сума підлягає відшкодуванню з Державного бюджету України, тобто поверненню платнику.
Термін, протягом якого належна платнику сума податку на додану вартість підлягає відшкодуванню бюджету, встановлюється в залежності від виду операцій, які здійснюються платником у звітному періоді:
- платник податку, який здійснює операції з вивезення товарів (робіт, послуг) за межі митної території України (експорт) і подає розрахунок експортного відшкодування за наслідками податкового місяця, має право на отримання експортного відшкодування протягом 30 календарних днів з дня подання такого розрахунку;
- платник податку, який здійснює операції на митній території України, що оподатковуються за нульовою ставкою, має право на отримання бюджетного відшкодування протягом місяця, що настає після подання декларації за звітний період, у якому були здійснені такі операції;
- з операцій, що оподатковуються за повною ставкою, сума належного платнику відшкодування (після погашення податкової заборгованості минулих звітних періодів) зараховується до зменшення податкових зобов'язань платника податку протягом трьох наступних звітних періодів. Залишок непогашеної суми підлягає відшкодуванню з бюджету протягом місяця, що настає після подання декларації за третій звітний період після виникнення від'ємного значення податку.
Відшкодування при настанні терміну проводиться згідно з рішенням платника податку, яке відображене ним в податковій декларації. Існує декілька напрямів відшкодування, які вибираються платником самостійно і які здійснюються шляхом:
перерахування грошових сум з бюджетного рахунку на рахунок платника податку в установі банку, що його обслуговує;
зарахування суми відшкодування в рахунок майбутніх платежів з податку на додану вартість;
зарахування суми відшкодування в рахунок інших податків, зборів (обов'язкових платежів), які надходять до Державного бюджету України.
Суми, не відшкодовані платнику податку протягом визначеного строку, вважаються бюджетною заборгованістю. На суму бюджетної заборгованості нараховуються проценти на рівні 120 відсотків від облікової ставки Національного банку України, встановленої на момент її виникнення, протягом строку її дії, включаючи день погашення.