У спеціальній економічній літературі українські і зарубіжні вчені виділяють такі об'єкти внутрішнього аудиту: ведення бухгалтерського обліку, достовірність звітності; стан майна, забезпеченість власними засобами: фінансова стійкість; платіжна спроможність; система управління підприємством; якість роботи економічних і технічних служб, оподаткування, планування; нормування; стимулювання; внутрішньогосподарський контроль; організація і технологія виробництва; процеси господарської діяльності; проектно-кошторисна документація, виконавча дисципліна та ін. Проте такий об'єкт внутрішнього аудиту, як "ведення бухгалтерського обліку", деякі джерела розглядають як вид послуг зовнішнього аудиту, а не об'єкт внутрішнього аудиту.
До об'єктів організації внутрішнього аудиту належать аудиторські номенклатури. Під аудиторською номенклатурою розуміють перелік інформації, котра є в законодавчих актах, нормативних документах, кошторисах, зафіксованих фактах, які використовують у процесі аудиту для підготовки управлінських рішень. Склад номенклатури формується залежно від характеру діяльності господарства.
Кожний окремий об'єкт внутрішнього аудиту потребує індивідуального підходу до використання прийомів аудиту, що є елементами його методу. Від політики і стилю управління залежать напрямки внутрішнього аудиту, глибина дослідження тих чи інших об'єктів внутрішнього контролю.
Використання ЕОМ в аудиті впливає не тільки на технологію аудиторського контролю, а й на його методологію. Зокрема, на методологію внутрішнього аудиту впливають підходи до процесу комп'ютеризації аудиторської діяльності.
Системи комп'ютеризації аудиторської діяльності повинні складатися з таких компонентів: економіко-математичних; економіко-організаційних та інформаційних моделей, які відображають процес аудиту; технічних, програмних, інформаційних й інших засобів, які забезпечують реалізацію моделей. Відповідно комп'ютерна система складається з функціональної і забезпечувальної частин. Функціональна частина містить у собі сукупність методик, методів і способів виконання аудиту, відображених в інформаційних і методичних моделях, стандартах, нормах тощо. Забезпечувальна частина передбачається для реалізації функцій аудиту, тому вона повинна складатися з інформаційного, програмного, технічного та іншого забезпечення.
Успішна реалізація завдань раціональної організації внутрішнього аудиту потребує певних умов і передумов. Основною умовою є те, що за останні роки, й особливо після введення у дію Закону України "Про аудиторську діяльність", формується сприятливе середовище для запровадження нових форм контролю, адекватних ринковим відносинам. Так, створюється відповідна нормативна база (національні й міжнародні стандарти з аудиту), у вузах України готують спеціалістів з обліку й аудиту, прийнятий Закон України "Про бухгалтерський облік та фінансову звітність в Україні", затверджена Програма реформування системи бухгалтерського обліку із застосуванням міжнародних стандартів, які сприятимуть високоякісному оновленню основної інформаційної бази аудиту. З кожним роком підвищується кількість наукових праць з аудиту, дослідження поглиблюються, зростає їх практична значущість.
Для документування роботи досвідчені аудитори ведуть свої особисті робочі записи у журналі.
Після того як аудитор отримав детальне уявлення про структуру внутрішнього контролю клієнта, він може оцінити ризик неефективності цієї системи.