Експертне дослідження як своєрідна галузь пізнання, здійснюване в рамках кримінального або цивільного процесу, підпорядковується закономірностям будь-якого пізнання і базується на загальних методологічних положеннях, які забезпечують установлення об’єктивної істини у кожній кримінальній чи цивільній справі.
У процесі дослідження експерт бухгалтер порівнює зміст окремих бухгалтерських документів, їхні реквізити тощо, виконуючи при цьому низку таких послідовних логічних дій, як аналіз і синтез, абстрагування й аналогія. Розібратися у величезній кількості документів, визначити їхню роль і значення як доказів у справі експертові допомагає використання загальних та окремих методів і методик судово-бухгалтерської експертизи.
До загальних методичних прийомів судово-бухгалтерської експертизи, які найбільш повно і чітко відбивають процес експертного дослідження бухгалтерських документів, відносять документальну перевірку, зіставлення документів, моделювання документів та ін.