Метод митного права — це сукупність правових прийомів (засобів і способів), за допомогою яких здійснюється вплив на поведінку суб'єктів. Як уже зазначалося, митне право регулює управлінські відносини при здійсненні митної справи, що зумовлює і його методи. Переважна частка владних вертикальних відносин митного права засновується на підпорядкуванні зобов'язаного суб'єкта носієві владних повноважень. Отже, митне право регулює відносини між його суб'єктами на засадах підлеглості. В тому числі при регулюванні відносин між фізичною особою, що перетинає кордон й переміщує предмети або товари, й митницею в праві закладено нерівність сторін. У відносинах митних органів між собою, навпаки, додержується підлеглість.
Для адміністративного права характерні такі методи, як приписи відповідних державних органів та посадових осіб. Особа, якій ці приписи адресовані, повинна їх виконувати. Юридично-владні приписи органів державного управління у сфері митної справи є, як правило, односторонніми. Вони є персоніфікованими і адресуються або певній ланці у системі митних органів, наприклад митному посту Гоптівка. Відповідно лише суб'єкт управління уповноважений давати владні приписи, які є обов'язковими для іншої сторони. Таким чином, митні правовідносини можуть бути охарактеризовані як владовідносини.
Приписи тісно пов'язані з можливістю застосування примусу. Він не виключається й застосовується як крайній засіб юридичного впливу. Разом з тим зміст приписів може бути різним: не допускати альтернативи або допускати можливість вибору одного з декількох запропонованих варіантів поведінки. Одні з них виникають за ініціативою носія обов'язку, а інші — з ініціативи компетентного органу чи його посадової особи. Наприклад, при здійсненні митного контролю контролер може на підставі зовнішніх ознак (нервування, підсилене потіння тощо) прийняти рішення про особистий огляд фізичної особи. До того ж прийняттю одностороннього владно-розпорядчого акта передують узгодження його проекту чи концептуальних положень із усіма зацікавленими сторонами, спільний його розгляд та обговорення. У разі невідповідності таких приписів чинному законодавству та грубого порушення законних прав та інтересів особи вони можуть бути в установленому порядку оскаржені й скасовані.
Виконання Односторонніх приписів забезпечується роз'яснювальною й виховною роботою органів управління, в результаті якої у зобов'язаних осіб формується впевненість у необхідності їх виконання. Часто приписи супроводжуються рекомендаціями щодо їх найбільш ефективного виконання чи уникнення обтяжуючих процедур.
Слід мати на увазі, що в митному праві, особливо стосовно регулювання особливостей переміщення через митний кордон України товарів, застосовуються методи непрямого впливу. Це, як правило, економічні важелі. Таким чином, адміністративний метод регулювання митних відносин проявляється у юридичній нерівності їх учасників, прямій організаційній підпорядкованості одного іншому, покладенні на підлеглого юридичного обов'язку, здійсненні певних дій за власним розсудом.
Оскільки митні правовідносини є комплексними й включають певну частку приватних, то їм притаманні методи приватного права, що засновані на рівності сторін, дизпозитивності, судовому розгляду суперечок. На засадах рівності та паритетності митні органи України будують свої взаємовідносини з митними органами інших країн, а їх митниці здійснюють спільні заходи щодо реалізації митної справи.
Регулювання митних відносин здійснюється шляхом адміністративного нормотворення, адміністративного розпорядження та правоохоронної діяльності. Такий метод не тільки відображає владну природу державного управління, односторонність і обов'язковість приписів для зобов'язаних осіб, але допускає деякі елементи рівності.