Відповідно до ст. 14 МК України регіональна митниця є митним органом, який на території закріпленого за ним регіону в межах своєї компетенції здійснює митну справу і забезпечує комплексний контроль за дотриманням законодавства у сфері митної справи, керівництво і координацію діяльності підпорядкованих йому митниць та спеціалізованих митних установ і організацій. Регіональні митниці наділені правами юридичної особи і здійснюють свою діяльність відповідно до законодавства та спеціально затвердженого наказу спеціально уповноваженого органу центральної виконавчої влади у галузі митної справи.
Регіональні митниці створюються, реорганізовуються і припиняються також цим органом, а їх начальники призначаються на посаду та звільняються з неї керівником вищого центрального органу.
Державній митній службі України підпорядковуються регіональні митниці, на сьогодні це Східна, Карпатська, Дніпропетровська, Донбаська, Кримська, Київська, Південна, Дніпровська, Північна, Чорноморська, Західна регіональні митниці, Центральна енергетична митниця та Бориспільська і Севастопольська митниці (митниці прямого підпорядкування) — всього 12 регіональних митниць.
Окрім МК, діяльність регіональних митниць урегульовано відомчими наказами. Так, наказом Державної митної служби України № 27 від 28 січня 1997 року затверджено Типове положення про регіональну митницю та Типову структуру регіональної митниці. У відповідності з Типовим положенням розробляються положення про регіональні митниці, їх штатний розклад, які затверджуються також керівником центрального виконавчого органу у сфері митної справи (Головою Державної митної служби України).
Відповідно до типового положення регіональна митниця безпосередньо здійснює митну справу, а також організує, координує та контролює діяльність підпорядкованих митниць і спеціалізованих митних організацій. Регіональна митниця виконує такі функції: контролює дотримання суб'єктами підприємницької діяльності та громадянами порядку переміщення товарів та інших предметів через митний кордон України; здійснює митний контроль та оформлення товарів та інших предметів, що переміщуються через митний кордон України; виконує рішення та доручення Державної митної служби України, контролює їх виконання підпорядкованими митними установами; видає, у межах своєї компетенції, накази, які є обов'язковими для виконання підпорядкованими митними установами; вносить до Державної митної служби України пропозиції щодо змін та удосконалення чинного митного законодавства; вносить обґрунтовані пропозиції щодо перегляду зон діяльності підпорядкованих митниць, створення та розвитку митної інфраструктури, створення, реорганізації, ліквідації підпорядкованих митних установ, митних постів, забезпечення необхідною штатною чисельністю; забезпечує взаємодію митних органів з іншими правоохоронними органами та контролюючими службами в регіоні в межах наданих Державною митною службою України повноважень; здійснює взаємодію з іншими митними установами України та митними службами суміжних держав в межах, наданих Державною митною службою України повноважень; інформує суб'єктів зовнішньоекономічної діяльності та громадян про порядок митного оформлення, в разі відмови в митному оформленні товарів та інших предметів надає вичерпну інформацію щодо причин відмови та вимог чинного митного законодавства; використовує, в зоні своєї діяльності, митні забезпечення для оформлення результатів митного контролю: накладає пломби, проставляє печатки, штампи, інші визначені у встановленому порядку митні забезпечення на транспортні засоби, приміщення, контейнери та інші місця, які вміщують товари і предмети, що переміщуються або знаходяться під митним контролем; нараховує та справляє митні платежі, податки, своєчасно перераховує отримані кошти до бюджету та Державної митної служби України; розпоряджається, згідно з чинним митним законодавством, товарами та іншими предметами, що знаходяться під митним контролем і вчасно не отримані на вимогу їх власником до закінчення передбачених термінів зберігання, та координує роботу в регіоні з цього питання. Координує роботу в регіоні щодо розпорядження конфіскованими підпорядкованими митницями предметами, забезпечує їх своєчасну реалізацію; здійснює контроль за доставкою товарів та інших предметів під митним контролем, а в разі їх недоставляння проводить розшук; здійснює, в зоні своєї діяльності, перевірку відомостей, заявлених під час декларування товарів та інших предметів; організовує та здійснює роботу з боротьби з контрабандою та порушеннями митних правил, розробляє та проводить заходи щодо запобігання контрабанді та порушенням митних правил, безпосередньо порушує справи про порушення митних правил та кримінальні справи про контрабанду і виконує провадження по них, здійснює методичне керівництво підпорядкованими митницями з цих питань; контролює дотримання підпорядкованими митницями законності при провадженні справ про порушення митних правил та провадженні дізнання у справах про контрабанду; виконує інші функції.
Типова структура регіональної митниці передбачає утворення в її складі низки спеціалізованих підрозділів: відділу організації митного контролю; вантажного відділу; пасажирського відділу; організаційно оперативного відділу; відділу дізнання та боротьби з ПМП; відділу боротьби з нелегальним переміщенням наркотиків; відділу тарифів та вартості; відділу митних платежів; відділу інформаційно-аналітичної роботи та митної статистики; відділу (сектора) несупроводжуваного багажу; відділу (сектора) оформлення транспортних засобів; відділу (сектора) контролю за доставлянням вантажів; поштового відділу (за необхідністю); відділу митної варти; відділу технічних засобів митного контролю; митної лабораторії (за необхідністю); загального відділу; господарсько-експлуатаційного відділу; юридичного відділу.
У безпосередньому підпорядкуванні Державній митній службі України знаходиться Центральна спеціалізована митниця, яка здійснює митне оформлення та митний контроль за імпортом, експортом, транзитом енергоносіїв — електроенергії, сирої нафти, сирих нафтопродуктів, нафтопродуктів, природного газу, продуктів їх переробки, які перетинають митний кордон України залізничним, автомобільним та трубопровідним транспортом, електромережами та іншими засобами транспортування. Склад повноважень Центральної спеціалізованої митниці визначається положенням про Центральну спеціалізовану митницю Державної митної служби України, затвердженим наказом Держмитслужби № 123 від 25 березня 1997 року. Зоною діяльності Центральної спеціалізованої митниці є вся митна територія України.