Ефективне здійснення функцій митних органів та покладених на них завдань багато в чому залежить від взаємодії між Державною митною службою та Міністерством економіки, Міністерством закордонних справ, Службою безпеки України, Державним комітетом у справах охорони державного кордону України, Державною податковою адміністрацією, Міністерством внутрішніх справ, Міністерством охорони здоров'я, Міністерством транспорту України, Міністерством екології та природних ресурсів, іншими державними органами, що уповноважені на здійснення відповідних контрольних функцій.
Загальні засади взаємодії митних органів з державними й недержавними органами та фізичними особами урегульовані чинним законодавством. Глава з МК України встановлює, що митні органи і організації, їх посадові особи при виконання покладених на них завдань взаємодіють з іншими органами державної влади, органами місцевого самоврядування, а також з підприємствами та громадянами в порядку, встановленому законом. Таке співробітництво має загальний і спеціальний характер. Воно проявляється у проведенні спільних заходів, інші прояви взаємодії між зазначеними державними органами при перетинанні Державного кордону України повинні регулюватися спільно прийнятими нормативними актами. Наприклад, згідно зі ст. 29 М К товари, що переміщуються через митний кордон України, крім митного контролю, можуть підлягати санітарно-епідеміологічному, ветеринарному, фітосанітарному, радіологічному, екологічному контролю та контролю за переміщенням культурних цінностей. Митні органи взаємодіють з органами державної влади, що здійснюють зазначені види контролю, в порядку, встановленому законодавством України. У фінансовій сфері митні органи взаємодіють із Міністерством фінансів України та Національним банком України. Варто зауважити, що це співробітництво регулюється МК України.
Згідно зі ст. 26 МК митні органи, спеціалізовані митні установи та організації та їх службові особи при виконанні покладених на них завдань взаємодіють з іншими органами державної влади, органами місцевого самоврядування, а також з підприємствами та громадянами, в порядку, встановленому законом. У відносинах з митними органами інтереси підприємств та громадян можуть представляти митні брокери на підставі відповідного договору, укладеного з підприємством, або нотаріально посвідченої довіреності (доручення), виданої громадянином, інші особи на підставі нотаріально посвідчених довіреностей (доручень).
У разі виявлення під час здійснення митних процедур працівниками митних органів ознак злочинів керівник митного органу чи особа, яка його заміщує, повідомляє про це правоохоронні органи або органи виконавчої влади з питань охорони державного кордону, залежно від їх компетенції.
Органи виконавчої влади з питань охорони державного кордону та правоохоронні органи повідомляють митні органи про виявлені порушення вимог цього Кодексу або контрабанду.
Статтею 27 МК встановлено, що товари, які переміщуються через митний кордон України, крім митного контролю, можуть підлягати санітарно-епідеміологічному, ветеринарному, фітосанітарному, радіологічному, екологічному контролю та контролю за переміщенням культурних цінностей. Митні органи взаємодіють з органами державної влади, що здійснюють зазначені види контролю, в порядку, встановленому законодавством України.
Митне оформлення товарів, що переміщуються через митний кордон України, завершується тільки після здійснення встановлених чинним законодавством України необхідних для цього товару видів контролю, зазначених у частині першій цієї статті.
Відповідно до ст.28 МК митні органи взаємодіють з органами виконавчої влади в межах повноважень, встановлених цим МК та законами України. У справі забезпечення надходження коштів до Державного бюджету України спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади в галузі митної справи підконтрольний Міністерству фінансів України. Митні органи інформують Національний банк України та фінансові органи України про перерахування ними коштів до Державного бюджету України,
Розмежування повноважень і функціональних обов'язків між митними та іншими органами виконавчої влади України щодо справляння податків, зборів та інших обов'язкових платежів встановлюється Конституцією, цим Кодексом та іншими законами України.
На регіональному рівні повинно бути налагоджене також тісне співробітництво із регіональними ланками відповідних органів державної влади. Такі співробітництво повинно здійснюватися із органами місцевого самоврядування в межах встановлених законом повноважень (ст.29 МК України) та населенням. Це проявляється у інформаційній діяльності митних органів із доведення до зацікавлених осіб митних правил, роз'яснення положень чинного законодавства і щодо його змін, наданні відповідних текстів нормативних актів.