Особливим напрямком діяльності митних органів України є міжнародне співробітництво. Воно зумовлено спільними для митних І органів функціями та завданнями, у принципі схожим митним законодавством, участю у міжнародних конвенціях у сфері митної справи, наявністю загальновизнаних систем класифікації та кодування товарів, митних режимів, митної статистики тощо. Взаємодія між митними органами України та іншими державами регулюється міжнародними актами. Наприклад, 4 серпня 2000 р. набрав чинності Меморандум про порядок подання взаємодопомоги між Державною митною службою України і Митним департаментом Міністерства податкових доходів Грузії. Із подальшою інтеграцією України у митні союзи це співробітництво буде здійснюватися на основі взаємної довіри митних органів однієї країни-учасниці митного союзу до ' митних операцій митних інших країн-учасниць митного союзу.
Міжнародна діяльність митних органів спрямовується та координується Кабінетом Міністрів України. Проведення переговорів та консультативної роботи, пов'язаної з підготовкою міждержавних. | міжурядових і міжвідомчих угод з питань митної справи може здійснюватись спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади в галузі митної справи за дорученням Кабінету Міністрів України в обсязі повноважень, наданих ним. Відповідно до 1 ст. 37 МК України міжнародне співробітництво у сфері митної справи проявляється через:
1) створення спільних пунктів пропуску на митному кордоні України;
2) проведення спільного контролю у пунктах пропуску на митному кордоні України;
3) узгоджене застосування процедур митного контролю, митного оформлення та взаємне визнання документів, що використовуються митними органами для здійснення митних процедур;
4) проведення спільних заходів, спрямованих на запобігання, виявлення і припинення контрабанди;
5) проведення інших спільних одноразових чи постійних заходів з питань, що згідно з цим Кодексом та іншими актами законодавства України належать до компетенції митних органів.
Для виконання покладених на митні органи завдань вони здійснюють оперативний зв'язок між собою. Відповідно до ст. 38 МК України з метою розв'язання невідкладних питань щодо пропуску товарів і транспортних засобів, виявлення та припинення контрабанди і порушення інших вимог митного законодавства, забезпечення законності і правопорядку в пунктах пропускання через митний кордон України. Начальникові регіональної митниці, начальникові митниці та їх заступникам надається право проведення робочих зустрічей з представниками митного органу суміжної іноземної держави. Про час, умови і мету таких зустрічей начальник митного органу або його заступник інформує начальника відповідного органу охорони Державного кордону України. Сам порядок проведення таких зустрічей визначається Положенням, затвердженим Кабінетом Міністрів України.
На сьогодні актуальною є організація роботи митниць з населенням, у тому числі громадськими формуваннями, з питань можливого виявлення шляхів та каналів незаконного переміщення через митний кордон товарів, іноземної та національної валюти, інших цінностей, встановлення причетних до цього осіб чи зловживань з боку працівників митниць.
Саме на цьому наголошується в ряді нормативних актів та проведених спільних нарадах правоохоронних органів. Наприклад, на спільній виїзній колегії У ВС Харківської області та У ВС Бєлгородської області, яка відбулася 27 лютого 2001 p., наголошувалося на необхідності тісного співробітництва органів внутрішніх справ прикордонних областей з митними органами для припинення незаконного переміщення контрабанди та інших порушень митних правил. Намічено ряд конкретних заходів до тісної взаємодії з митними органами та органами місцевого самоврядування й населенням щодо вирішення цих питань.