При здійсненні переміщення товарів, транспортних засобів і предметів між країнами важливе значення має точне й правильне визначення митної території і митного кордону. Неточності в цьому призводять до виникнення конфліктів при перетині кордону.
Поняття митної території та її визначення виходить із загальноприйнятих у міжнародному праві підходів до визначення суверена, закріпляється безпосередньо нормативними актами і є проявом одного з важливих принципів митної політики — принципу єдності митної території України. Згідно з територіальною юрисдикцією митна територія України встановлює сферу дії митного суверенітету України. Такий підхід важливий для забезпечення сплати мита, застосування інших засобів митного регулювання, визначення митних правопорушень та їх кваліфікації. Принципу єдності митної території не суперечать окремі виключення певної території України зі складу її митної території. До таких територій належать території вільних економічних (митних) зон, митних та вільних складів. Ці території вважаються такими, що знаходяться поза межами митної території України.
Відповідно до ст. 5 МК України територія України, зайнята сушею, територіальне море, внутрішні води, повітряний простір, а також штучні острови, установки та споруди, що створюються у виключній морській економічній зоні України, на які поширюється виключна юрисдикція України, складає єдину митну територію України. Загалом митна територія збігається з державним кордоном України. В той же час митна територія не збігається з державною територією, оскільки подекуди із митної території могуть вилучатися ділянки державної території, чи, навпаки, включатися ділянки, що знаходяться поза межами державного кордону. Так, ч.2 ст.5 МК України встановлює, що території спеціальних розташованих в Україні митних зон вважаються такими, що знаходяться поза межами митної території України, за винятком визначених чинним законодавством випадків. Тому межі митної території України визначаються другою складовою, а саме митним кордоном України.
Поняття митного кордону безпосередньо визначається ст. 6 МК України, де встановлено, що межі митної території України є митним кордоном України. Елементами митного кордону України є також периметри вільних митних зон і вільних складів. У митному праві прийнято виділяти зовнішній і внутрішній кордони. Зовнішній митний кордон розмежовує митний кордон суміжних держав і переважно збігається з державним кордоном. Виняток складає периметр вільних митних зон і вільних складів. Охорона зовнішнього кордону здійснюється прикордонними військами спільно з митницею.
Внутрішній митний кордон складають периметри вільних митних зон і вільних складів. Внутрішній митний кордон, як правило, знаходиться усередині держави (митні пости в аеропортах).
Загалом обидва кордони за своїм правовим статусом прирівняні, але є й різниця. Так територія вільної митної зони та вільного складу розглядаються як прикордонні і в'їзд у них здійснюється за спеціальними перепустками через спеціальні контрольно-пропускні пункти.
Разом із тим у міжнародній практиці широко використовуються спільні митні зони та союзи. Так, відповідно до статей 5 і 6 МК України на території України можуть створюватися спеціальні митні зони різного типу. Статус і територія вказаних зон встановлюються Верховною Радою України відповідно до законодавства про спеціальні митні зони. Як уже зазначалося, до таких спеціальних митних зон належать вільні економічні зони і митні та вільні митні склади.