Залежно від предмета прийнято розрізняти загальний і спеціальні види митного контролю. Загальний митний контроль залежно від конкретного предмета можна поділити на митний контроль товарів і митний контроль транспортних засобів.
Залежно від напрямку переміщення товарів прийнято розрізняти митний контроль імпортних, експортних і транзитних товарів.
Відповідно імпортний контроль здійснюється щодо товарів, які ввозяться на територію України, експортний — щодо товарів, які вивозяться з України, а транзитний — щодо товарів, які переміщаються митною територією України.
Залежно від характеристик товарів, які зумовлюють особливості митного контролю, виділяють підвиди митного контролю товарів: митний контроль ручної поклажі та контроль багажу як такого, що супроводжується, так і такого, що не супроводжується.
Митний контроль транспортних засобів визначається їх видом. Відповідно розрізняють:
— митний контроль автотранспортних засобів;
— митний контроль повітряних суден;
— митний контроль залізничних засобів;
— митний контроль річкових суден;
— митний контроль морських суден;
— митний контроль трубопровідного транспорту і електромереж. Залежно від виду й характеру співробітництва митних органів
країн сусідів виділяють такі різновиди митного контролю:
— односторонній митний контроль. Такий контроль проводиться тільки однією стороною, як правило, до перетинання митного кордону. Митні органи однієї сторони довіряють іншій стороні і повторного митного контролю не проводять. Така система контролю ще називається спрощеною;
— двосторонній митний контроль, який відповідно самостійно проводиться митницями двох країн;
— спільний митний контроль, який проводиться одночасно митними органами двох країн.
Окрім цього, розрізняють однократний митний контроль і повторний митний контроль. Такий контроль здійснюється, як правило, щодо транспортних засобів або товарів, коли у митних органів є достатньо для цього підстав. Однократний митний контроль проводиться в тому разі, коли митний кордон перетинається в одному напрямку, а повторний — у тому разі, коли протягом короткого періоду транспортні засоби перетинають митний кордон двічі.
Під час проведення митного контролю митні органи самостійно визначають форму та обсяг контролю, достатнього для забезпечення дотримання законодавства України з питань митної справи та міжнародних договорів України.