Відповідно до ст. 48 МК України митний контроль здійснюється в пунктах пропуску через митний кордон України. З метою забезпечення здійснення митними органами митного контролю за товарами та транспортними засобами, що переміщуються через митний кордон України, проведення заходів, пов'язаних з виявленням, попередженням та припиненням контрабанди та порушень митного законодавства в пунктах пропуску на митному кордоні України, в межах прикордонної смуги на державному кордоні, у морських і річкових портах, аеропортах, на залізничних станціях, на територіях підприємств, спеціальних митних зон, а також в інших місцях, визначених митними органами, створюються зони митного контролю.
Згідно з ч.8 ст. 1 МК зона митного контролю — місце, визначене митними органами у пунктах пропуску через митний кордон України або у інших місцях митної території України, в межах якого митні органи здійснюють митні процедури". Це, як правило, територія,) що прилягає до митного кордону в місцях його перетинання товарами і транспортними засобами, в місцях знаходження митних і вільних митних складів, на території магазинів безмитної торгівлі, а також в інших місцях митного оформлення і контролю. Таким чином, зони митного контролю — спеціально виділені та означені місця, що призначені для зберігання товарів і транспортних засобів, а також проведення з ними вантажних та інших операцій під митним контролем.
Порядок створення зон митного контролю, їх межі, режим їх функціонування визначаються Кабінетом Міністрів України. Зони митного контролю в межах пунктів пропуску через державний кордон створюються уповноваженим центральним органом виконавчої влади з питань митної справи за погодженням з уповноваженим органом центральної виконавчої влади з питань охорони державного кордону України. У більшій мірі у зонах митного контролю, створених в межах пунктів пропуску на митному кордоні, споруди та об'єкти інфраструктури, що належать іншим органам, уповноваженим здійснювати види контролю, зазначені у МК, розміщуються з дозволу спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади в галузі митної справи та з питань охорони державного кордону України. Порядок надання таких дозволів визначається Кабінетом Міністрів України.
На територіях і в приміщеннях підприємств, що зберігають товари та інші предмети під митним контролем, митний орган визначає території зон митного контролю за умови виконання підприємством вимог, що забезпечують здійснення митного контролю у повному обсязі. При цьому переміщення товарів та інших предметів на території зони митного контролю чи за її межі контролюється митницею.
Якщо товари і транспортні засоби прибувають в години, коли митний орган не працює, то вони повинні бути поміщені на митний склад. На митному складі створюються відповідні умови для проведення митного контролю. Власники складів повинні:
— виключити можливість вилучення товарів поза митним контролем;
— не ускладнювати здійснення митного контролю і не втручатись в дії контролерів;
Митні процедури — операції, пов'язані із здійсненням митного контролю за переміщенням товарів і транспортних засобів через митний кордон України, митного оформлення цих товарів і транспортних засобів, а також із справлянням передбачених законом податків та зборів.
— дотримуватися умов ліцензії на створення митного складу і виконувати вимоги митних органів, надавати їм безоплатно приміщення, обладнання і засоби зв'язку для здійснення митного контролю і митного оформлення;
— вести облік товарів, що зберігаються на митному складі, і надавати митним органам звітність про них.
На практиці в зонах митного контролю, що створені в пунктах міжнародних пасажирських перевезень, з метою швидкого пропускання пасажирів через митний кордон може проводитися двоканальний митний контроль за системою «зеленого» і «червоного» коридорів. Організація такого пропускання ґрунтується на знанні пасажирами вимог митного законодавства та правил митного оформлення. «Зеленим» коридором, як правило, користуються ті пасажири, що мають при собі товари, які можуть бути оформлені безмитно та без отримання спеціальних дозволів. Інші пасажири проходять через «червоний» коридор із заповненням та поданням митних декларацій. Втім така організація пропуску пасажирів через митний кордон України в разі необхідності не виключає можливості здійснення повного чи вибіркового контролю.