Посадові особи митних органів при здійсненні митного контролю наділені функціональною владою і при виконанні посадових обов'язків керуються митним законодавством України. Ніхто не вправі спонукати посадові особи виконувати такі обов'язки, що не передбачені чинним законодавством. При здійсненні контролю посадова особа підвладна лише своєму безпосередньому і прямому начальнику. Але їх розпоряджень, що суперечать чинному законодавству, контролер не повинен виконувати.
При здійсненні митного контролю працівники митних органів вправі:
— вимагати безпосереднього надання і ознайомлення із необхідними документами, у тому числі банківськими, інформацією, яка пов'язана із здійсненням зовнішньоекономічної та іншої господарської діяльності, що має відношення до митної справи і функцій митних органів;
— отримувати всі необхідні довідки, письмові та усні пояснення від посадових осіб та інших співробітників, спрямовані на отримання митними органами інформації про порушення порядку ввезення (вивозу) ліцензованих товарів;
— опечатувати приміщення;
— вилучати документи в тому разі, коли вони підлягають перевірці в іншому місці на підставі відповідного акта;
— мати доступ на територію і в приміщення, де можуть знаходитися товари і транспортні засоби, що підлягають митному контролю, а також необхідні для такого контролю документи.
При необхідності посадовим особам митних органів встановлюється місце і час для ознайомлення з інформацією і документами.
Визначення періоду перебування під митним контролем здійснюється у відповідності з обраним митним режимом. Товари і транспортні засоби знаходяться під митним контролем з моменту його початку до його закінчення. Законодавство встановлює і максимальний термін. Наприклад, максимальний термін зберігання товарів у режимі митного складу не повинен перевищувати три роки.
Визначення початку здійснення митного контролю транспортних засобів і товарів здійснюється в залежності від того, чи здійснюється їх ввезення чи вивезення. При їх ввезенні початок митного контролю визначається моментом перетину транспортними засобами митного кордону. При вивезенні митний контроль починається з моменту прийняття митної декларації. Митний контроль завершується моментом прийняття рішення про випуск товарів і транспортних засобів.
Митні органи у межах своїх повноважень вправі застосовувати примусові заходи до порушників режиму зони митного контролю. Вони вправі у примусовому порядку зупиняти і повертати в зони митного контролю транспортні засоби та громадян, які без дозволу митних органів увійшли із зони митного контролю на митну територію України, а також морські та річкові судна, які без дозволу митних органів вийшли з зони митного контролю за межі митної території України і не перебувають у територіальних водах інших держав.