Особливість правового регулювання митного контролю на транспорті зумовлена, перш за все, значенням транспорту для перевезень товарів. У МК України ці питання спеціально врегульовані його розділом V. Переміщення товарів через митний кордон України здійснюється засобами авіаційного, водного, автомобільного, залізничного, трубопровідного транспорту, а також лініями електропередачі. Залежно від наявності перевізника, відправника, одержувача, а також договору на перевезення товари переміщуються у:
1) вантажних відправленнях;
2) супроводжуваному багажі;
3) несупроводжуваному багажі;
4) ручній поклажі;
5) міжнародних поштових відправленнях;
6) міжнародних експрес-відправленнях.
Відповідно до ст. Ill MK України транспортні засоби, якими переміщуються громадяни та товари через митний кордон України, підлягають митному контролю та митному оформленню. Як і інший контроль та митне оформлення, він переслідує загальну та спеціальну мету. Загальна — забезпечення законності при перетинанні транспортними засобами митного кордону України. До спеціальної належить встановлення правомірності та безпечності самого транспортного засобу та запобігання незаконному переміщенню товарів.
Митні процедури, що здійснюються під час митного контролю та митного оформлення транспортних засобів, якими переміщуються громадяни та товари через митний кордон України, мають уніфікований характер і не залежать від країни реєстрації або країни — власника транспортного засобу, країни, з якої прибув цей транспортний засіб, або країни, куди він прямує, крім випадків, передбачених міжнародними договорами України. Це надає можливості для співробітництва між митними та іншими органами різних країн, а також іншими державними органами, що виконують функції oxo-j рони державного кордону України. Митний контроль за міжнародними перевезеннями товарів здійснюється митними органами у взаємодії з іншими відповідними контрольними службами за спільними технологічними схемами з визначенням часу та послідовності виконання кожною службою своїх безпосередніх обов'язків.
При регулярному міжнародному сполученні такий контроль здійснюється відповідно до розкладу руху. Розклад руху транспортних засобів через митний кордон затверджується Міністерством! транспорту України за погодженням із ДМСУ та спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади в галузі охорони державного кордону України. Таке узгодження зумовлено необхідністю раціонального використання державних засобів та коштів. Так, технологічні схеми затверджуються керівниками митних органів за погодженням з керівниками інших уповноважених органів виконавчої влади в галузі охорони державного кордону України та відповідних контрольних служб.
З метою прискорення здійснення митних процедур під час переміщення транспортних засобів через митний кордон України працівники водного, повітряного, автомобільного та залізничного транспорту сприяють службовим особам митних органів у виконанні ними своїх службових обов'язків. Відповідно адміністрація морських і річкових портів, міжнародних аеропортів, прикордонних залізничних станцій на договірних засадах забезпечує митні органи необхідними службовими приміщеннями, обладнанням, засобами зв'язку та створює належні умови для здійснення ними митних процедур.
До того залежно від призначення товарів і предметів застосовуються різні режими митного оформлення та контролю. Це перш за все стосується запасів, що призначені для споживання. Під запасами, призначеними для споживання, розуміються:
1) товари, призначені для споживання пасажирами та екіпажем на борту суден, літаків, у поїздах, інших транспортних засобах, незалежно від того, продаються ці товари чи ні;
2) товари, включаючи паливно-мастильні матеріали, необхідні для експлуатації та технічного обслуговування суден, літаків, засобів залізничного та іншого транспорту, у тому числі придбані за кордоном у зв'язку з ліквідацією аварії або для здійснення необхідного поточного ремонту цих транспортних засобів;
3) товари, призначені для матеріально-технічного постачання та спорядження, паливно-мастильні матеріали, сировина для промислової переробки, продовольство, інші товари, шо вивозяться за межі митної території України для забезпечення виробничої діяльності українських та орендованих (зафрахтованих) українськими підприємствами суден, які здійснюють морський промисел.
Запаси, призначені для споживання, що перемішуються на суднах, літаках, засобах залізничного та іншого транспорту через митний кордон України в обсягах, що визначаються на підставі встановлених KM України норм споживання та з урахуванням тривалості рейсу, підлягають митному оформленню в безліцензійному порядку без декларування та сплати податків та зборів, а понад зазначені норми — у загальному порядку відповідно до заявленого митного режиму.
Спеціальне обладнання, призначене для навантаження, вивантаження, захисту і зберігання вантажу, яке переміщується разом із транспортним засобом через митний кордон України, підлягає пропуску у тому ж порядку, що і транспортний засіб за умови його використання за призначенням та зворотного вивезення (ввезення) разом із цим транспортним засобом.
Запасні частини та обладнання, призначені для використання в процесі ремонту чи технічного обслуговування транспортних засобів, тимчасово ввезених на митну територію України або тимчасово вивезених з неї, можуть ввозитись (вивозитись) під зобов'язання про їх зворотне вивезення (ввезення) без справляння податків та зборів Митний орган, що здійснює пропуск таких запасних частин та обладнання, може застосовувати спеціальні заходи гарантування. Замінені запасні частини та обладнання можуть не вивозитись за межі митної території України (не ввозитись на неї), а з дозволу митного органу бути пред'явлені митному органу та оформлені для вільного обігу на митній території України (за її межами) або бути знищені під контролем митного органу.
Транспортні засоби, що використовуються для переміщення товарів та пасажирів через митний кордон України, можуть тимчасово ввозитись на митну територію України без справляння податків та зборів та без застосування заходів нетарифного регулювання. Тимчасово ввезені на митну територію України транспортні засоби підлягають вивезенню без внесення в їх конструкцію будь-яких змін (без урахування природного зношення, витрати пально-мастильних матеріалів та необхідного ремонту). Тимчасове ввезення транспортних засобів на територію України допускається за умови, що такі транспортні засоби не використовуватимуться для внутрішніх перевезень на митній території України.