Митний контроль на залізничному транспорті здійснюється відповідно до глави" 18 МК України та спеціальних правил митними органами. Так, ст. 139 МК встановлює, що у зонах митного контролю пунктів пропускання залізничного транспорту на державному кордоні України здійснюється перевірка документів, огляд залізничного рухомого складу, а також інші передбачені чинним законодавством митні процедури. При цьому розвантажувальні, навантажувальні, перевантажувальні та інші операції, необхідні для здійснення митного контролю та митного оформлення товарів, проводяться підприємствами залізниці за свій рахунок
Порядок та терміни проведення митного контролю на залізничному транспорті визначаються загальними технологічними схемами, які затверджуються начальниками залізничних станцій, митних органів та органів охорони Державного кордону України.
При надходженні до митного контролю товарів, що перевозяться залізничним транспортом, працівники залізничної станції подають до митного органу:
1) передатну відомість (багажний список);
2) залізничні накладні;
3) інші документи, передбачені МК, міжнародними договорами України, та іншими законодавчими актами України з питань митної справи.
Митний контроль товарів і транспортних засобів у міжнародному залізничному сполученні здійснюється в зонах митного контролю.
Пасажири поїздів міжнародного сполучення можуть проходити митний контроль також в інших місцях, визначених уздовж маршруту руху поїзда за погодженням між спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади в галузі митної справи, спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади у галузі охорони державного кордону України та центральним органом виконавчої влади в галузі транспорту України. З метою запобігання порушенню розкладу руху поїздів митний контроль може здійснюватися поза пунктами пропускання на державному кордоні або в місцях, визначених начальниками митного органу за погодженням з начальником залізничної станції та органу охорони Державного кордону України.
У виняткових випадках, перелік яких визначаться спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади в галузі митної справи, на вимогу митного органу окремі вагони, локомотиви, інші елементи рухомого складу для здійснення митного контролю можуть бути виключені зі складу поїзда, якщо проведення такого контролю у складі поїзда неможливе. Важливо, що відправлення залізничних транспортних засобів з місць стоянки здійснюється лише з дозволу митного органу та органу охорони Державного кордону України.
У той же час, як і на морському та річковому транспорті, передбачено особливий режим для товарів споживання. Так, відповідно до ст. 144 МК продукти харчування та безалкогольні напої, вино, лікерні, коньячні, горілчані вироби, що переміщуються через митний кордон України у вагонах-ресторанах поїздів міжнародного сполучення, підлягають обов'язковому декларуванню митним органами.
Продукти харчування та безалкогольні напої пропускаються через митний кордон України без справляння податків та зборів за умови, що вони призначені для реалізації виключно з метою споживання безпосередньо у поїзді і їх обсяг не перевищує встановленої законодавством кількості, мінімально необхідної для забезпечення нормальних послуг вагона-ресторану протягом повного рейсу. У той же час алкогольні напої та тютюнові вироби, що переміщуються у вагонах-ресторанах, пропускаються через митний кордон України за умови сплати усіх належних податків та зборів.
Митний контроль на залізничному транспорті має свою послідовність. При вибутті з України митними органами, прикордонними й іншими уповноваженими органами контролю здійснюється такий комплекс контролю:
— прикордонний контроль (проводиться прикордонними органами);
— оформлення вантажу, багажу транспортним підприємством, що здійснює міжнародні перевезення;
- контроль відповідності товару і цінностей, занесених у митну декларацію, фактичній наявності проводиться митними службами; І
— контроль наявності зброї, металу й інших заборонених для вивезення предметів здійснюється органами внутрішніх справ.
При здійсненні митного огляду ручної поклажі і багажу при необхідності запрошуються співробітники органів ветеринарного і фітосанітарного контролю. їхня присутність обов'язкова в тому разі, якщо перевозиться продукція тваринного і рослинного походження.
При прибутті в Україну в комплекс контролю входять:
— прикордонний контроль;
— одержання багажу і вантажу;
— митний контроль разом з фітосанітарними і ветеринарними службами.
Питання взаємодії всіх органів державного контролю, що беруть участь у прикордонному оформленні і контролі, координуються безпосередньо начальниками митниці та охорони митного кордону.
Товарні потяги і перевезені ними вантажі, так само як і інші товари і транспортні засоби, що вивозяться за межі України, а також при ввезенні на її територію, підлягають обов'язковому митному контролю відповідно до заявленого режиму (імпорту чи експорту). При здійсненні митного огляду переміщуваних через митний кордон України вантажів за вимогою митних органів залізниця зобов'язана пред'явити їм товари і транспортні засоби для огляду і забезпечити виконання необхідних операцій (зняття і розкриття контейнерів, розвантаження товарів, розчеплення вагонів). При огляді рефрижераторних секцій, а також інших вагонів, у яких є приміщення для супровідних осіб, провадиться й їх огляд. З метою виявлення заборонених до вивезення чи ввезення товарів, чи ввезення та вивезення товарів, які мають кількісні обмеження, перевіряються всі приміщення транспортних засобів, у тому числі й технологічні.