Митний контроль за вантажними автомобільними перевезеннями здійснюється відповідно до правил, уміщених у главі 19 МК України, та спеціальних правил. Особи, які здійснюють перевезення товарів і громадян через митний кордон України автомобільним транспортом, у передбачених законом випадках повинні мати відповідну ліцензію. На них покладається ряд обов'язків. Так, відповідно до ст. 146 МК України особи, що переміщують товари під митним контролем автомобільним транспортом, зобов'язані:
1) доставити товари за місцем призначення із збереженням митних забезпечень;
2) не розпочинати вивантаження чи перевантаження товарів без дозволу митного органу;
3) пред'явити митному органу необхідні для здійснення митного контролю і митного оформлення документи;
4) у невідкладних випадках за свій рахунок здійснювати вивантаження, навантаження, розпакування та упакування товарів і пред'являти їх до митного контролю.
Автотранспортний засіб, що використовується для переміщення товарів через митний кордон України, не потребує окремої митної декларації, якщо під час такого переміщення декларуються товари, які перевозяться цим автотранспортним засобом. Відомості про автотранспортний засіб, що перевозить товари, вносяться до митної декларації, якою оформлено ці вантажі, книжки МДП, передбаченої Митною конвенцією про перевезення вантажів із застосуванням книжки МДП 1975 року, товарно-транспортних накладних, дорожнього листа, провізних та інших супровідних документів, передбачених законодавством.
Митний контроль на автотранспорті можна поділити на два види: митний контроль автотранспортних засобів, що перевозять товари або прямують за товарами чи після вивантаження товару, і митний контроль товару. Транспортні засоби, що використовуються для перевезення товарів і інших предметів через митний кордон України, як ті, що вивозять товари й інші предмети за межі України, так і ті, що виїжджають за межі України для завезення товарів і інших предметів в Україну, декларуються без заповнення окремої вантажної митної декларації.
Митний контроль здійснюється в прикордонних пунктах пропускання на шосейних переходах, на шляху проходження й у місцях доставки товару. При здійсненні митного контролю мають на меті:
— виявлення і припинення використання транспортних засобів для приховання товарів від митного контролю;
— недопущення переміщення транспортних засобів через митний кордон для іншої мети, крім міжнародних перевезень пасажирів і офіційних вантажів;
— перевірка відповідності транспортних засобів встановленим вимогам для доставки вантажів під митним контролем.
Митному контролю так само підлягають товари, що переміщуються водіями вантажних автомобілів, експедиторами і водіями пасажирських автобусів. Цей контроль здійснюється аналогічно до контролю товарів, які переміщуються фізичними особами.
Митний контроль і оформлення на пунктах перетинання державного кордону здійснюються в такій послідовності:
— подається повідомлення перевізником про ввезення чи вивезення транспортного засобу або вантажу у формі письмового вручення документів посадовій особі митного органу;
— перевірка посадовими особами митного органу поданих документів;
— ухвалення рішення про форму митного контролю транспортного засобу;
— митне оформлення і контроль транспортного засобу і товарів, що перевозяться;
— вручення перевізнику документів на транспортний засіб і товари та випуск транспортного засобу за кордон чи пропускання усередину країни.
Одночасно з митним контролем здійснюється прикордонний і паспортний контроль, а так само фіто- і санітарний контроль.
Митне оформлення і контроль пасажирського автотранспорту здійснюються в такому порядку:
— подається повідомлення про в'їзд (виїзд) і пред'являються документи на транспортний засіб і особисті документи водія і пасажирів посадовій особі прикордонних військ чи митного органу;
— здійснюється митне оформлення і митний контроль ручної поклажі і багажу водія і пасажирів;
— проводиться митне оформлення і контроль самого автотранспортного засобу і випуск транспортного засобу, ручної поклажі і багажу на виїзд чи в'їзд.
Огляд товарів, перевезених автотранспортом, належить до форм митного контролю й здійснюється при перевірці наявного товару, транспортного засобу, заявленого у митних документах. Для проведення митного огляду товарів і транспортного засобу на прикордонних переходах обладнані спеціальні місця — доглядові склади, оснащені всіма необхідними технічними засобами. Огляд автотранспорту провадиться, як правило, безпосередньо в режимній зоні автопереходу в боксах для догляду які повинні бути оснащені ямами чи підйомниками.