Відповідальність митних органів України та їх посадових осіб за допущені ними порушення при проведені митного контролю й оформленні є відображенням конституційного принципу взаємної відповідальності громадянина і держави. У діяльності цих органів не допускається заподіяння митними органами іншим державним органам, громадянам і підприємствам збитку, приниження честі і гідності громадян і здійснення інших неправомірних дій.
Збитки, що заподіяні неправомірними діями митних органів, спеціалізованих митних установ, організацій та їх службових осіб під час виконання ними своїх службових обов'язків, відшкодовуються на загальних підставах відповідно до закону: цє Цивільний Кодекс України і Закон України «Про відшкодування шкоди, заподіяної незаконними діями органам дізнання, попереднього слідства, прокуратури і суду».
Кожна особа має право оскаржити в адміністративному або судовому порядку постанову, дії або бездіяльність митних органів, спеціалізованих митних установ, організацій та їх службових осіб, якщо вважає, що порушено її права та законні інтереси. Скарги подаються особами, як правило, від свого імені. Подавати скарги від імені та в інтересах інших осіб мають право:
1) батьки, опікуни та інші законні представники, якщо йдеться про інтереси неповнолітніх, недієздатних або обмежено дієздатних осіб;
2) довірені особи за наявності нотаріально засвідченої довіреності;
3) захисники в порядку, передбаченому законом;
4) народні депутати України та депутати місцевих рад;
5) правозахисні та інші громадські організації, якщо це передбачено їхніми статутними документами, в порядку, передбаченому законом;
6) дипломатичні та консульські представництва України в іноземних державах, якщо йдеться про інтереси громадян України, які постійно чи тимчасово проживають на території цих держав;
7) дипломатичні та консульські представництва іноземних держав в Україні, а також Консульське управління Міністерства закордонних справ України, якщо йдеться про інтереси громадян іноземних держав.
Терміни подання скарги, а також порядок і строки її розгляду визначаються законом.
Порядок оскарження постанов, дій чи бездіяльності митних органів, спеціалізованих митних установ, організацій та їх службових осіб до суду встановлюється законом.
Якщо задоволення скарги на рішення, дії чи бездіяльність митних органів, спеціалізованих митних установ, організацій або їх службових осіб пов'язане з виплатою грошових сум, їх виплата у передбачених законом випадках здійснюється за рахунок Державного бюджету України органами Державного казначейства України за поданням відповідних митних органів, спеціалізованих митних установ та організацій.
У разі, якщо виплата грошових сум здійснюється на підставі рішення суду, виконавчий збір не сплачується.
Відповідно до чинного законодавства митні органи та їх посадові особи, що припустилися неправомірних дій щодо громадян, підприємств і інших державних органів, несуть відповідальність згідно з чинним МК України та іншими законами України.