Служба в митних органах України є різновидом державної служби, яка здійснюється відповідно до Конституції України, Закону України «Про державну службу», МК України та інших нормативних актів. Вона здійснюється на таких принципах:
Верховенство права — є основоположний принцип для правової держави і демократичного суспільства, проводиться у Конституції України та інших законах.
Пріоритет прав і свобод людини передбачає необхідність при здійсненні своїх посадових обов'язків неухильно дотримуватись прав людини, поважати її честь і гідність, недоторканність. Застосування примусу щодо людини має здійснюватися лише на підставі і в межах, передбачених законом.
Рівне право громадян України на службу в митних органах відповідно до наявності фахової освіти, професійної підготовки і здібностей. Вимоги до кандидата на посаду в митних органах є рівними для всіх і зумовлені лише характером посадових обов'язків;
Обов'язковість для державних посадових осіб рішень вищих органів та їх керівників в межах наданих їм повноважень і відповідно до чинного законодавства.
Єдність основних вимог до державної служби полягає у єдності митної системи, збігу завдань митних органів.
Професіоналізм і компетентність співробітників митних органів полягає у тому, що прийняті на службу співробітники повинні знати митне законодавство, правила митного оформлення і контролю, митні процедури, досконало знати свої права і функціональні обов'язки, посадові інструкції.
Гласність полягає в обов'язку посадових осіб надавати інформацію про прийняті ними рішення, діяльності чи бездіяльності митних органів.
Відповідальність за прийняті рішення проявляється в тому, що за невиконання чи неналежне виконання свої посадових обов'язків, зловживання наданими правами посадова особа може бути притягнута до дисциплінарної, адміністративної чи кримінальної відповідальності. В разі заподіяння шкоди митним органам така особа повинна відшкодувати завдану шкоду в установленому порядку. Така шкода може бути стягнута з неї в регресному порядку.
Позапартійність. Співробітники митних органів не можуть перебувати в партіях чи керуватися при здійсненні своїх посадових обов'язків партійними інтересами. Взаємовідносини між співробітниками визначаються виключно законом, свободою переконань та совісті. В митних органах не допускається створення партій, рухів і об'єднань з політичною метою.
Стабільність кадрів є гарантом високого професіоналізму -і наступництва. Це є гарантією впевненості співробітників митних органів у завтрашньому дні, запорукою від невиправданих чисток і переміщень.