Головним (провідним) органом у системі центральних органів виконавчої влади, який забезпечує реалізацію державної політики у галузі транспорту і дорожнього господарства, у сфері використання повітряного простору України та навігаційно-гідрографічного забезпечення мореплавства, є Міністерство транспорту України.
Відповідно до Положення про Міністерство транспорту України, затвердженого Указом Президента України від 11 травня 2000 p., основними завданнями Мінтрансу України є:
o державне управління транспортним комплексом і дорожнім господарством України, використанням повітряного простору України, навігаційно-гідрографічним забезпеченням мореплавства;
o організація безпечної роботи транспортного комплексу і дорожнього господарства України;
o забезпечення реалізації державної політики щодо становлення та розвитку транспортного комплексу і дорожнього господарства України, національної мережі міжнародних транспортних коридорів, організація навігаційно-гідрографічного забезпечення мореплавства, використання повітряного простору України для своєчасного, повного та якісного задоволення потреб населення і суспільного виробництва в перевезеннях усіма видами транспорту;
o забезпечення взаємодії та координації роботи автомобільного, авіаційного, залізничного, морського і річкового транспорту, дорожнього господарства, здійснення заходів щодо розвитку єдиної транспортної системи України;
o створення рівних умов для розвитку господарської діяльності підприємств транспорту всіх форм власності;
o створення умов для інтеграції транспортного комплексу і дорожнього господарства України до європейської та світової транспортної системи.
Міністерство транспорту України відповідно до покладених на нього завдань:
o здійснює державне управління автомобільним, авіаційним, залізничним, морським і річковим транспортом, а також дорожнім господарством;
o здійснює координацію роботи підприємств, установ та організацій автомобільного, авіаційного, залізничного, морського і річкового транспорту, дорожнього господарства, їх об'єднань, що належать до сфери управління Мінтрансу України;
o вживає заходів щодо розвитку єдиної транспортної системи України, створення і функціонування національної мережі міжнародних транспортних коридорів та інфраструктури транспортного комплексу і дорожнього господарства України;
o здійснює заходи щодо реалізації єдиної державної економічної, тарифної, інвестиційної, науково-технічної, кадрової та соціальної політики в галузі транспорту і дорожнього господарства, у сфері використання повітряного простору України та обслуговування повітряного руху, навігаційно-гідрографічного забезпечення мореплавства;
o здійснює нагляд за додержанням підприємствами, установами та організаціями всіх форм власності (крім Міністерства оборони України, Служби безпеки України, Міністерства внутрішніх справ України, Державного комітету у справах охорони державного кордону України, Управління державної охорони України, а також підприємств, установ, організацій, що належать до сфери їх управління) вимог нормативно-правових актів щодо безпеки польотів, судноплавства, руху відповідно на авіаційному, морському і річковому, залізничному та автомобільному транспорті;
o бере участь у розробленні проектів Державної програми економічного і соціального розвитку України, Державного бюджету України, Програми діяльності Кабінету Міністрів України;
o здійснює відповідно до законодавства України функції з управління об'єктами державної власності, що належать до сфери управління Міністерства;
o здійснює відповідно до законодавства заходи щодо досудо-вої санації державних підприємств, які належать до сфери управління Мінтрансу України, готує пропозиції щодо обсягів і напрямів державних капітальних вкладень у галузь;
o організовує і у встановленому порядку контролює роботу, пов'язану із забезпеченням безпеки руху транспортних засобів;
o забезпечує у випадках, передбачених законодавством, ліцензування окремих видів підприємницької діяльності;
o затверджує галузеві стандарти, в межах повноважень, визначених законодавством, організовує, координує та контролює здійснення сертифікації у галузі;
o вживає заходів до зменшення шкідливого впливу функціонування транспорту на довкілля та забезпечує екологічну безпеку на транспорті;
o організовує розроблення проектів нормативно-правових актів з питань функціонування та безпечної роботи транспортного комплексу і дорожнього господарства України, навігаційно-гідрографічного забезпечення мореплавства, використання повітряного простору України;
o здійснює загальне керівництво проведенням державної реєстрації морських суден, цивільних повітряних суден, дипломувавшім спеціалістів морського флоту, роботою рятувальної, лоцманської та гідрографічної служб морського і річкового транспорту;
o забезпечує виконання завдань з мобілізаційної підготовки та мобілізаційної готовності держави в межах повноважень, визначених законодавством;
o здійснює функції компетентного державного органу з перевезення небезпечних вантажів залізничним, автомобільним, повітряним, морським і річковим транспортом та великовагових і негабаритних вантажів автомобільним транспортом;
o здійснює управління єдиною транспортною системою України в особливий період;
o виконує інші функції, що випливають з покладених на нього завдань.
Кожна з підгалузей єдиної транспортної системи України має свої органи управління, а також транспортні й інші організації, які входять до цієї підгалузі. Певне уявлення про них може дати система організацій залізничного транспорту.
Для забезпечення державних і суспільних інтересів, свободи підприємництва і формування ринку транспортних послуг, безпеки перевезень, захисту навколишнього природного середовища Кабінет Міністрів України визначає умови і порядок організації діяльності залізничного транспорту загального користування, сприяє його пріоритетному розвиткові, надає підтримку в задоволенні потреб залізниць у рухомому складі, матеріально-технічних і паливно-енергетичних ресурсах.
Крім Міністерства транспорту, яке здійснює державне управління транспортним комплексом, управління залізницями та іншими підприємствами залізничного транспорту, що належать до загальнодержавної власності, здійснює орган управління залізничним транспортом - Державна адміністрація залізничного транспорту України (далі - Укрзалізниця), підпорядкований Міністерству транспорту України.
Виключно до компетенції Укрзалізниці, яка здійснює функції господарюючого суб'єкта належить управління процесом перевезень у внутрішньому і міжнародному сполученнях, а також регулювання виробничо-господарської діяльності у сфері організації і забезпечення цього процесу залізницями, підприємствами, уста
новами та організаціями, які Укрзалізниця проводить централізовано.
Основною організаційною ланкою на залізничному транспорті є залізниця. Створення, реорганізація, ліквідація та визначення територіальних меж залізниць, призначення і звільнення їх керівників здійснюються рішеннями Кабінету Міністрів України за поданням Міністерства транспорту України. В Україні діють п'ять залізниць - Донецька, Львівська, Одеська, Південно-Західна, Придніпровська.
Повноваження, права та обов'язки залізниць визначаються Законом України "Про залізничний транспорт", їх статутами. Затвердження статутів залізниць здійснює Міністерство транспорту України за погодженням з Міністерством економиш України та Антимонопольним комітетом України.
Створення, реорганізація та ліквідація підприємств, установ та організацій, які входять до складу залізниць, затвердження їх статутів (положень), а також укладання контрактів (трудових договорів) з їх керівниками здійснюються у порядку, встановленому чинним законодавством України, а також статутами залізниць.